石榴树长到秋季往往会萌发出许多二、三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，引起果实增大变慢、着色不良，同时也影响内膛叶丛枝和短枝形成花芽。因此石榴树秋季养护管理应注重疏枝和剪根，做法如下：
关于疏枝：继续剪除密生的、徒长的、有病虫的萌枝、萌蘖。要求疏枝后树冠下的光斑均匀分布于地面上，以占全树冠投影面积的10％～15％为适合。保证果实直接见光，使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽快。对剪下的病虫果枝采取深埋或焚烧。
关于剪根：石榴树衰老的表现特征之一是根系老化衰亡，因此根据石榴树结果情况，逐年进行根系修剪是十分必要的。可于10月中旬至11月（采果后及落叶前），结合秋扩穴翻施有机肥，在树冠外围挖环状或平行沟（深度50～100厘米），切断部分小于1厘米直径的根，有利于根系再生和扩大。